高源寺（こうげんじ）は、兵庫県丹波市青垣町桧倉にある臨済宗妙心寺派の寺院。山号は瑞巌山。本尊は釈迦如来。もみじ（天目かえで）の寺。円通寺、石龕寺とともに「丹波紅葉三山」の1つとして知られる。関西花の寺二十五霊場第4番札所。